Najważniejsze, to realizować projekt zgodnie z umową, harmonogramem realizacji projektu, aktualnie obowiązującymi dokumentami programowymi (wytyczne, zasady realizacji itp.). Bardzo istotnymi elementami są terminowe składanie okresowych raportów z realizacji projektu (wnioski o płatność) oraz posiadanie wyczerpującej dokumentacji realizowanych w ramach projektu działań. Beneficjent musi również pamiętać o szerokim upowszechnianiu i promocji projektu, stosowaniu oznakowań wymaganych wytycznymi w zakresie promocji (loga, nazwa programu, informacja że projekt jest dofinansowany ze środków unijnych). Należy również pamiętać, iż pełną dokumentację należy przechowywać również po zakończeniu realizacji projektu, przez wskazany w umowie okres, często kilkuletni. Nieprzestrzeganie przez beneficjenta zapisów w umowie czy realizacja projektu niezgodnie z zasadami, może skutkować wezwaniem do zwrotu całej kwoty dofinansowania wraz z odsetkami.

Procentowe dofinansowanie do realizacji projektu jest uzależnione od różnych czynników. Są projekty, gdzie dofinansowanie wynosi 100% kosztów kwalifikowanych (czyli takich, które są dopuszczalne w konkretnym programie operacyjnym), a są projekty, gdzie wymagany jest tzw. Wkład własny beneficjenta, tzn. otrzymuje jedynie część środków finansowych na realizację przedsięwzięcia, resztę zobowiązany jest sfinansować ze środków własnych.

Różne programy oferują wsparcie dla różnych grup społecznych/firm/jednostek. Szczególnym zainteresowaniem objęte są osoby bezrobotne, zagrożone wykluczeniem społecznym: niepełnosprawni, kobiety powracające na rynek pracy po urlopach macierzyńskich i wychowawczych, osoby długotrwale bezrobotne, osoby z terenów wiejskich, mieszkańcy Polski Wschodniej. W zakresie firm na wsparcie liczyć mogą małe i średnie firmy pragnące poszerzać zakres swojej działalności, stwarzać nowe stanowiska pracy, firmy zainteresowane wprowadzaniem innowacyjnych rozwiązań technicznych i technologicznych, ekspansją swojej działalności, rozwojem usług teleinformatycznych dla społeczeństwa, rozwojem usług badawczo-rozwojowych w przedsiębiorstwach i ich transferem do gospodarki. Wsparcie oferowane jest także jednostkom sektora finansów publicznych, które zainteresowaną są modernizacją swojej infrastruktury, zwiększeniem dostępności i jakości oferowanych społeczeństwu usług, informatyzacją usług dla ludności. Na pewno nie każdy pomysł może zostać sfinansowany ze środków unijnych – każdorazowo należy przeanalizować, czy dostępne programy operacyjne oferują wsparcie dla konkretnego pomysłu, biorąc pod uwagę wiele kwestii, z których najważniejsze to: kto jest wnioskodawcą projektu, dla kogo projekt jest skierowany (czyli kto zostanie objęty wsparciem w ramach projektu), co ma zostać sfinansowane (pozycje budżetowe), w jakie kondycji finansowej jest wnioskodawca. Informacje te można uzyskać, analizując szczegółowe zapisy poszczególnych programów operacyjnych.

Aby uzyskać środki pochodzące z jednego z dostępnych programów operacyjnych, należy złożyć wniosek o dofinansowanie projektu. Wnioski te są oceniane przez powołaną komisję, a beneficjent zwrotnie jest informowany, czy jego projekt został przyjęty do realizacji. Często na tym etapie projekty wstępnie zakwalifikowane do finansowania należy uzupełnić o dodatkową dokumentację stanowiącą o sytuacji wnioskodawcy, zabezpieczeniach finansowych itp. Wnioskodawca otrzymuje z instytucji realizującej program operacyjny umowę do podpisu, informującą m.in. o kwocie przyznanych środków, okresie trwania projektu, sposobie przekazania kolejnych transz finansowych, wzajemnych obowiązkach i prawach stron. Z chwilą podpisania umowy rozpoczyna się realizacja projektu.

Środki na realizację projektu mogą zostać przekazane beneficjentowi w dwojaki sposób: jako refundacja (zwrot) poniesionych już wydatków – w tej sytuacji jednostka realizująca projekt musi wydatkować własne środki na dostawy/usługi objęte projektem, a dopiero po złożeniu stosownego rozliczenia (wniosek o płatność) i jego zaakceptowaniu przez instytucję do tego upoważnioną, beneficjent otrzymuje na konto zwrot wydatkowanej kwoty. Druga sytuacja dotyczy zaliczkowania, tzn. beneficjent otrzymuje na wskazane w umowie konto zaliczkę z upoważnionej instytucji, którą jest zobowiązany rozliczyć w terminie określonym w umowie. Najczęściej po wydatkowaniu ponad 70% zaliczki, można ubiegać się o przelew kolejnej transzy zaliczki. Wysokości poszczególnych transz zaliczek określone są w umowie.